金匱腎氣丸通常沒有最佳搭配，需要根據患者的病情來搭配藥物。常見的搭配藥物包括五苓散、八味益腎丸、四神丸、五子衍宗丸、金鎖固精丸等，建議患者及時就醫診治。
1.五苓散：組成是豬苓、茯苓、肉桂等。功效是溫陽化氣、利濕行水。與金匱腎氣丸聯用后，一般能達到較好的治療效果，有助于改善水腫、小便不利等癥狀。
2.八味益腎丸：組成是淫羊藿、枸杞子、覆盆子等。功效是補腎填精、養血明目。在醫生指導下聯合使用金匱腎氣丸后，可發揮更好的療效。
3.四神丸：組成是肉豆蔻(煨)、補骨脂、砂仁、陳皮等。功效是澀腸止瀉，適用于腎氣不足所致的泄瀉。若患者存在此類病癥，應遵醫囑服用金匱腎氣丸與四神丸配伍進行治療，能取得更好的療效。
4.五子衍宗丸：是由枸杞子、菟絲子(炒)、覆盆子、五味子(蒸)、鹽車前子等組成。功效是補腎益精，用于治療腎虛精虧所引起的陽痿不育、遺精早泄以及腰痛等癥狀。金匱腎氣丸有補腎陽的作用，而五子衍宗丸具有固精藏髓的作用，所以兩種藥物搭配可以治療腎陽虛等癥狀。
5.金鎖固精丸：成分包括沙苑子(炒)、芡實(蒸)、蓮須、牡蠣(煅)、蓮子等。功效是固精澀精，用于治療腎虛不固、遺精滑泄、神疲乏力、四肢酸軟、腰痛耳鳴等癥狀。金匱腎氣丸和金鎖固精丸兩種藥物搭配治療遺精、滑精、腎陽虧虛等癥狀的效果更好。
需要注意的是，由于藥物的組成和功效有所不同，建議在使用以上搭配藥物時，嚴格遵照醫囑用藥，避免自行盲目搭配，以免引起不良反應。