婚檢首先針對的是遺傳病，包括兩大類：單基因遺傳病和多基因遺傳病。前者由于致病基因單一，因而遺傳患病率較高，而后者由于致病基因多無。患病機率相對較低。

單基因遺傳病有：紅綠色盲，高度近視，β-地中海貧血，先天性智力低下，上瞼上垂，多指(趾)，先天性聾啞，先天性白內障。先天性青光眼，先天性眼組織缺損，視網膜色素變性，視網膜母細胞瘤，白化病，血友病，軟督骨育不全，成骨不全。馬凡綜合征，進行性肌營養不良。抗維生素D性佝僂病，肝豆狀核變性，神經纖維瘤等。

屬于多基因遺傳病的有：先天性髖關節脫位，唇腭裂，脊柱裂，無腦兒，先天性馬蹄內翻足，先天性心臟病、高血壓、冠心病、哮喘、糖尿病、精神分裂癥，原發性癲癇、躁狂抑郁癥等。

此外，婚檢還能檢出許多常見而嚴重的傳染病及性病，如艾滋病、各種肝炎各種性病等。這些病部可以通過常規檢查、驗血、驗尿和基因診斷等方法查出來。在醫生指導下，先治病，然后做出對男文雙方和下一代部有利的決定，減少和避免不適當的婚配，以減少遺傳病兒的出生。