在寶寶百日咳的時候，也有很多其他的疾病隨之侵入了，分別為：呼吸系統并發癥、神經系統并發癥、心血管系統并發癥、消化系統并發癥。

整個百日咳的病程中，如果孩子平時身體狀況良好，治療及時，護理周到，則能較快獲愈。但確有少數抗病力低下，貽誤診治、護理不當的病兒出現并發癥，使病程遷延難愈，個別嚴重的造成死亡。可見，百日咳的嚴重性就在于其并發癥，那么，常見百日咳并發癥有哪些呢? 茲介紹如下：

(1)呼吸系統并發癥：以氣管炎、支氣管肺炎最多見。多為繼發感染，病原菌常為呼吸道的常見細菌，該并發癥可發生于病程的各個時期，但以痙咳期為多。嚴重的肺炎還可并發心力衰竭。除此以外，還常合并肺不張、肺氣腫、支氣管擴張、縱隔氣腫。原有結核病患兒在患百日咳時，可激起重新活動或結核擴散，導致惡化。

(2)神經系統并發癥：百日咳桿菌的內毒素可引起中毒性腦病及一系列中樞神經系統后遺癥，如癲癇、智力減退等。百日咳腦病主要發生在痙咳期，臨床表現為：反復抽搐、意識障礙、高熱，甚至可出現腦水腫、腦疝，危及生命。有的由于劇烈痙咳引起腦血管痙攣、腦缺氧、腦出血以及手足抽搐癥等。

(3)心血管系統并發癥：嚴重的心血管系統障礙可引起心臟擴大、甚至心力衰竭(多見于身體虛弱的幼嬰或原有心臟病的患兒)。虛弱的新生兒可有皮下出血、腦內點狀出血，甚至耳內出血。嚴重者有咯血、嘔血、便血，因此可引起急性循環衰竭。

(4)消化系統并發癥：由于百日咳常伴嘔吐及厭食，可導致營養不良。劇咳時，腹壓增高可引起疝氣和脫肛。