多數醫學專家認為，懷孕不會使甲亢病情惡化，因此，甲亢并非是妊娠的絕對禁忌癥。但與非妊娠甲亢相比，甲亢孕婦在用藥方面還是有所不同。

妊娠期甲亢用藥首選丙基硫氧嘧啶，因為它是硫脲類藥物中最少透過胎盤屏障的(僅為他巴唑、甲亢平的1/3)的藥物，故對胎兒影響不大。另外，妊娠期甲亢的用藥劑量宜適當減少，這是因為婦女在妊娠期基礎代謝率本身就高，體現在基礎心率及甲狀腺激素水平較非妊娠正常人稍高一些，因此，宜選擇最小有效劑量，使甲狀腺功能維持在正常偏高水平，以免引起母子甲狀腺功能減退，影響胎兒正常發育。還有，由于抗甲狀腺藥物可從乳汁分泌，影響嬰兒甲狀腺功能，故產后需繼續服藥治療者不宜哺乳。