陰莖皮膚薄且可移動，在陰莖頭處褶成雙層，稱為包皮。在兒童，包皮較長，能完全包住陰莖及尿道處口，隨著發育及青春期的以來，陰莖體積增大并加長，包皮向后退縮，漸將龜頭露出。但成人后仍有約30%的人包皮完全蓋住陰莖頭。只有用手將包皮上翻或陰莖充分勃起時，陰莖頭和尿道口才能露出，稱為包皮過長。當包皮口因過小，過緊而不能上翻時稱為包莖,約占8%。由于包皮過長和包莖，它使皮脂腺分沁一種奇臭的白色分泌物不能及時排出去，長期積存形成包皮垢。不及時清洗，包皮垢會刺激陰莖頭和包皮發炎，反復難治，甚至粘連。因此可引起性交痛，妨礙性生活，有導致陰莖癌發生的可能。婚后也可引起女方生殖道炎癥的發生。某些宗教要求小孩行割禮(包皮切除術)，這類人群中陰莖炎癥和癌的發病率極低。由此可見，包皮環切及保持局部清潔是有益于生理健康的手段。

當包皮過長包皮口較緊時，強行上翻末能及時復位，過緊的包皮口就像狹窄的環緊套陰莖頭，使包皮水腫、糜爛。這些稱為包皮嵌頓。都要求經手術治療才能恢復正常。