一般而言，包皮手術應在青春期后，病患不需要全身麻醉的情形下才予考慮施行。但是如果小男孩因包皮過長而合并發生了反復的發炎甚至尿路感染時，就應及早予以手術治療割除包皮。剛出生的小男嬰是否要接受割包皮的手術，因爭議較多應慎重考慮，不宜草率決定。如果嬰兒有尿道下裂，更不可將包皮割掉，因為尿道下裂的修補須要用到包皮。

包皮手術時，醫師會視病患之情況給予適當之麻醉，為了避免病患可能對麻醉藥品不適應而引起嘔吐反應，手術前應禁食四到六小時；手術后，麻醉藥效消退之后，傷囗會有輕微疼痛及瘀腫的情形，應定時服用藥物，通常在三天后，癥狀即可消退，傷囗在七至十天后即可痊愈。傷囗愈合前，應依照醫師指示，定期回診追蹤復查，另外，手術后傷囗部分應保持清潔干燥，小便時請小心不要弄濕紗布，如果紗布被尿液浸濕，可先將紗布拿掉，再回門診換藥。

手術后，除了上全身麻醉的小孩為了照顧及安全上的考量，需要短暫的住院觀察之外，一般病患仍可從事日常工作，不需住院。青春期及成年的病患在手術后會因陰莖勃起引起傷囗的腫痛出血，若是輕微出血時，只需局部冷敷加壓止血即可，若出血嚴重時，則應立即回院就診。由於傷囗縫合皆采用可吸收之縫線，所以傷囗愈合后并不需要拆線。

必要時，可以將傷囗泡在清潔之溫水中以促使縫線脫落。在手術一個月后，病患可以恢復性生活，并不會影響性功能。 包皮手術可說是泌尿科手術最常施行的手術，也是一般所謂的”小手術”但雖是常見的小手術，也不是不會發生大問題，曾有嬰兒因接受包皮切除手術而龜頭被切掉。至于前述這位年輕患者發生的狀況，可能是在手術過程或手術后的護理上的問題，導致了一段期間精神和身體的受罪，幸好最終處理完善，否則會留下些許的遺憾。所以對于包皮的處理，醫師和患者皆應小心謹慎為之。