1、染色體異常。常見的有男性假兩性畸形、克氏綜合征和XYY綜合征。

2、內分泌疾病。原因是促性腺激素缺乏。常見的有選擇性促性腺功能低下型性機能減退，即Kallmann氏綜合征;選擇性LH缺陷癥和FSH缺陷癥;腎上腺皮質增生癥;高泌乳素血癥等。

3、生殖道感染較為常見。近年來隨著性傳播疾病發病率的提高，生殖道炎癥如前列腺炎、附睪炎、睪丸炎、尿道炎的發病率和嚴重程度有所增加，嚴重影響男性的生育能力。

4、輸精管道梗阻。影響精子的輸送。

5、睪丸生精功能異常。常見于隱睪，精索靜脈曲張，毒素、磁場、高熱和外傷等理化因素皆可引起睪丸的生精障礙。

6、精子結構異常和精漿異常。影響精子的運動、獲能和頂體反應等。

7、免疫性不育。男性自身產生的抗精子免疫和女性產生的抗精子同種免疫均可引起男性不育。

8、男性性功能障礙。陽痿、早泄、不射精和逆行射精皆可引起男性不育。