慢性前列腺炎根據病史、癥狀、直腸指診、前列腺液檢查等一般診斷并不困難，但對癥狀復雜、體征不典型者應與下列疾病相鑒別。

(1)前列腺膿腫 大多數為急性細菌性前列腺炎的并發癥，多發生在50-60歲，半數病人有急性尿潴留，尿頻，排尿困難，直腸不適，尿道流膿，有的伴有附睪炎。直腸指診前列腺病側增大，觸之軟，有波動感。偶爾前列腺膿腫可自然向尿道破潰，也可向直腸破潰，被誤認為直腸周圍膿腫。

(2)前列腺結石 指發生在前列腺腺泡內和腺管內的結石。與前列腺慢性炎癥，前列腺液潴留，腺管狹窄，代謝紊亂等因素有關。無機鹽如草酸鈣、磷酸鈣、磷酸鎂等沉積在前列腺腺泡內的淀粉樣本，上皮細胞和炎性滲出物上形成結石，患者可表現有慢性前列腺炎的各類癥狀，但直腸指診檢查可捫及前列腺有結石摩擦感，骨盆X線在恥骨聯合區一側有陽性結石影，超聲波檢查可在前列腺結石部位出現強光帶，并有聲影。

(3)前列腺結核 癥狀與慢性前列腺炎相似，但常有泌尿系結核或其他部位結核病灶的病史，直腸指診檢查前列腺呈不規則結節狀，附睪腫大變硬，輸精管有串珠狀硬結，前列腺液結核桿菌直接涂片或PCR檢測有結核菌。

(4)前列腺癌 晚期可出現尿頻、尿痛、排尿困難等癥狀，但患者常有消瘦、乏力、貧血、食欲不振等明顯全身癥狀、直腸指診前列腺有堅硬如石的腫塊，表面高低不平，血清前列腺特異抗原及前列腺酸性磷酸酶增高。前列腺穿刺活檢可發現癌細胞，超聲波檢查可見腺體增大，邊界回聲不整齊或有缺損，內部光點不均勻，癌腫部位有較亮光點或光團，CT檢查可見前列腺形態不對稱，若腫瘤向包膜外浸潤，可見精囊和膀胱后壁的組織間隙消失。CT可確定前列腺癌的浸潤程度。

(5)恥骨骨炎 臨床上常表現為慢性前列腺炎的癥狀，但直腸指診及前列腺液檢查正常。主要特征是恥骨聯合處有明顯壓痛，攝骨盆X線片示恥骨聯合間隙增寬大于10毫米，雙側恥骨上支水平相差大于2毫米，恥骨聯合邊緣不規則，出現侵蝕和反應性骨硬化。