治療非淋菌性尿道炎抗感染藥有3類，通常以四環素類為首選。

　　(1)四環素類：屬廣譜抗生素，有抑菌作用，對衣原體及支原體有拮抗活性，用于泌尿系統感染，也用于治療支原體肺炎。此類抗生素有3種：四環素1次500mg，1日4次，連續10～14日。多西環素(強力霉素)1次100mg，1日2次，連續7～10日。米諾環素(美滿霉素)1次100mg，1日2次，連續10～14日。

　　(2)大環內酯類：對支原體及衣原體皆有抑制作用。琥乙紅霉素(利君沙)1次250mg，1日4次，連續10～14日。交沙霉素1次200mg，1日4次，連續10日。阿奇霉素(希舒美、泰力特)單劑量1g頓服或1日0.5g，連續3日。

　　(3)喹諾酮類：除對淋球菌有效外，尚用于衣原體及支原體感染。氧氟沙星(奧復星、泰利必妥)1次200mg，1日2次，連續14日。環丙沙星(特美力、悉復歡)1次250mg，1日2次，連續14日。左氧氟沙星(可樂必妥、利復星)1次100～200mg，1日2～3次，連續3～5日。

　　但上述3類并非特效藥，有時需結合臨床上是否合并其他性病而考慮選擇。有些藥如慶大霉素、多黏菌素、青霉素、頭孢菌素、鏈霉素、大觀霉素對衣原體無效。磺胺、利福平對衣原體有效，對支原體無效。