真正的小陰莖畸形雖然罕見，但畢竟還是存在的，是什么原因造成的呢？不妨先從陰莖的生長與發育談起。

　　陰莖的分化與發育均有賴于體內的雄激素水平。雄激素是由睪丸的間質細胞分泌的，而睪丸的分泌功能是受腦垂體所分泌的促性腺激素控制的，腦垂體又受下丘腦分泌的促性腺激素釋放激素的控制。這樣，下丘腦、腦垂體、睪丸就形成了三位一體的控制軸，專門負責性器官的發育。其中任何一個環節出了毛病，都可影響陰莖的發育而形成小陰莖。小陰莖的常見原因有4種：

　　①下丘腦或腦垂體有病變，不能下達讓睪丸分泌雄激素的“指令”。

　　②睪丸本身有病變，不能產生雄激素。

　　③陰莖本身對雄激素不敏感，以致陰莖不發育。

　　④迄今未查明原因的小陰莖，又稱特發性小陰莖。

　　值得一提的是，真正的小陰莖患者常常伴有性發育不良（如第二性征缺乏）、性功能障礙、無生育能力（無精子）。在門診常有因懷疑陰莖短小前來就診的“患者”，實際上這些人身體發育正常，生殖系統也都正常。他們大多屬于心理型，主要是對性發育認識不夠，因此千萬不要深陷自卑，自尋煩惱。