小陰莖與體內睪丸酮缺乏有關，睪丸酮缺乏是激素靶器官發育不良的結果。常伴有睪丸發育差，下降不全。另外一些器官發育(包括陰囊)也可受累。下丘腦分泌的黃體生成素釋放激素(LHRH)減少。由于垂體——性腺軸未受影響，以睪丸酮治療仍有一定效果，但是，其作用可能是微弱的。如局部應用5%睪丸酮乳膏將有助于陰莖增大，其作用是局部激素的吸收，爾后通過全身性促進生殖系統的發育。

　　外生殖器尤其陰莖較小，可無陰囊，或不能摸到睪丸，前列腺亦特小。(付表一)

　　表1 從嬰兒到成人陰莖疲軟時的長度及睪丸大小

　　年齡(歲) 陰莖長度(cm±SD) 睪丸直徑(cm±SD)

　　0.2～2 2.7±0.5 1.4±0.4

　　2.1～4 3.3±0.4 1.2±0.4

　　4.1～6 3.9±0.9 1.5±0.6

　　6.1～8 4.2±0.8 1.8±0.3

　　8.1～10 4.9±1 2±0.5

　　10.1～12 5.2±1.3 2.7±0.7

　　12.1～14 6.2±2 3.4±0.8

　　14.1～16 8.6±2.4 4.1±1

　　16.1～18 9.9±1.7 5±0.5

　　18.1～20 11±1.1 5±0.3

　　20.1～25 12.4±1.6 5.2±0.6

　　陰莖應與隱匿陰莖區別。應排除其他內分泌和中樞神經系統的異常。骨骼的延遲生長，嗅覺缺失，學習能力低下，促腎上腺皮質激素(ACTH)和促甲狀腺激素(TSH)的缺乏，都與小陰莖有關。性功能的情況也應該詳細詢問。

　　近幾年，小陰莖治療方法有一定改進。但是，雄激素的替代仍然是主要的治療方法。由于給患者體內提供了足夠的睪酮，將刺激陰莖的發育，并不影響骨髂的生長和閉合。Aller推薦的治療方法為每3周口服睪酮25mg，總量不超過100mg。應通過治療前、后的陰莖長度測量(恥骨至龜頭)評價治療效果。應從一歲開始治療。目的是使患兒生殖器官發育與身體增長保持一致。如患兒陰莖生長比較同齡兒童差，應重復上述治療。對伴有睪丸下降不全的患兒，應在2歲前行睪丸下降固定術。亦可應用LHRH，促進陰莖的發育和睪丸下降。