具體說來，生殖器皰疹的組織病理有如下的特征：
表皮內水皰，系細胞的氣球變性及網狀變性所致，皰內可見棘層松解細胞及多核上皮巨細胞。真皮乳頭水腫，可見血管外紅細胞，真皮內程度不等的炎癥細胞浸潤，有嗜中性白細胞、淋巴細胞等。
目前診斷生殖器皰疹主要靠病史、癥狀和體征。在一些有條件的大醫院可做病毒分離，用免疫熒光檢查病毒包涵體，電鏡檢查病毒顆粒，酶聯免疫吸附試驗或放射免疫測定檢測病毒抗原。
[實驗室檢查]
l．細胞學檢查：從皰底或潰瘍面刮取少量組織作涂片，Wright-Giemsa染色或Papanicolaou染色，可檢出HSV感染具特征性的多核巨細胞內的嗜酸性包涵體。但不能區別HSV感染或水痘-帶狀皰疹病毒感染，敏感性僅為病毒分離的60%。
2.細胞培養法：從水皰底部取材做組織培養分離病毒，為目前最敏感、最特異的檢查方法，需時5天-lO天。因其技術條件要求高，價格昂貴，目前尚不能普遍使用。
3.抗體檢測法:常用蛋白印跡法，也可用gD2作抗原檢測HSV-2抗體，具有敏感性高，且能區分HSV-l和HSV-2的優點。
4.抗原檢測法:如PCR檢測皮損HSV的DNA，敏感性和特異性高，能大大提高生殖器潰瘍病人中HSV確診的能力，但費用昂貴，且受操作技術和實驗室條件及設備的影響，容易出現假陽性，故用于臨床診斷其準確性受影響。
[鑒別診斷]
生殖器皰疹是誤診率較高的疾病。有很多患者僅僅有一點輕度的包皮龜頭炎，即被某些別有用心的所謂醫生們診斷為生殖器皰疹，筆者就遇到數位這樣的患者。有一些小門診部受金錢的驅使，常常誤導患者。下面介紹幾個需要鑒別診斷的疾病。
(1)龜頭包皮炎初起潮紅、糜爛，但很少出現水皰。可有滲液，包皮水腫不能上翻，有時有膿性分泌物。依據不同的病因可分為外傷性龜頭炎、接觸性龜頭炎、感染性龜頭炎、念珠菌性龜頭炎、阿米巴性龜頭炎、滴蟲性龜頭炎、漿細胞性龜頭炎等。
(2)硬下疳為硬性潰瘍，邊緣整齊。詳見梅毒。
(3)淋病也可發生龜頭包皮炎，但主要表現為急性化膿性尿道炎。
(4)固定紅斑性藥疹常常由于口服磺胺類藥物或止痛類藥物引起。發生于陰部，有紅腫，常破潰，糜爛，也有復發，要仔細地詢問病史。
(5)接觸性皮炎。
(6)帶狀皰疹。
(7)膿皰病等。
生殖器皰疹的治療需及時，按療程治療，無錫南站醫院泌尿外科診療中心對生殖器皰疹的治療有一整套的治療方案，可根據患者的病情發展階斷選擇合理的治療方案，一般情況下一個療程即可取得理想的治療效果。
