現在，微生態制劑已經和抗生素一樣，被廣泛應用于多種胃腸疾病的治療。抗生素在殺死病原菌的同時，會造成機體菌群失調、抗藥性的出現及免疫功能的下降。

而菌群失調會導致便秘、急慢性腹瀉、腸胃炎、腸功能紊亂，以及外來菌感染等疾病。長期下去，還可導致其他疾病和促進衰老，甚至引起癌癥。此時使用微生態制劑，便可發揮其“專長”——調整失衡的胃腸道菌群，重建生物膜屏障。

但是，在應用中，益生菌制劑并不能替代抗生素，它們是相輔相成的關系。抗生素用于治療致病菌引起的疾病，而微生態制劑則用于調整菌群失調。查找病因更關鍵

胃腸道炎癥是由多種因素引起的疾病，除了細菌感染外，理化因素(如進食刺激性食物)、化學因素(如烈酒、咖啡、濃茶及某些藥物)、過度疲勞及精神刺激等，均可使胃腸黏膜屏障遭受破壞，引起炎癥性變化，這是整體狀況改變的結果，并非由單方面引起。

因此，治療上應檢查清楚發病的原因，采取有效的針對性治療，才能取得相應的效果。然而，最近某藥廠研制生產出一種所謂的新型微生態制劑(實際上屬益生素)，宣稱專用于治療各種腸胃炎，打出“以菌治菌，治愈快、不復發”、“只殺有害菌，不傷有益菌”的宣傳廣告，我認為過分宣傳了微生態制劑的功效，對消費者有愚弄之嫌。益生菌并非完全“益生”

益生菌應用的劑量、菌株的選擇、應用的時機和方式都有一定講究。譬如微生態制劑在感染性腹瀉的早期不宜應用，此時用了也“白用”;在使用抗感染藥或抗病毒藥后期，可以吃點，以恢復菌群的平衡。