中醫稱口腔黏膜扁平苔蘚為“口蕈”、“口蘚”、“口破”等，并了解本病與神經及精神等因素有關。近年，國內不少專家均有中醫藥治療本病的報道，將本病分為脾胃濕熱型、氣滯血淤型、肝郁化火型、脾腎陰虛型，分型治療取得較好療效。患者可請中醫辨證施治。有報道一中醫驗方：徐長卿與金雀根各30克，每日一劑，水煎分二次服，一月一療程，療效較好。

除選擇中、西藥治療外，糜爛且病程長的患者，可以選擇冷凍或二氧化碳激光治療，以盡快控制病情，消除瘡面。少數與銀汞合金充填牙齒治療有關的“苔蘚樣反應”患者，應盡早去除充填物而改用樹脂等材料。一般在去除充填物后，1～2個月病損可以自行消失，且不易復發。