出現男性性交疼痛的最常見原因是陰莖痛性勃起，陰莖痛性勃起是指在陰莖勃起時出現疼痛，多見于包皮系帶過短和假性包皮過長時的包皮口過窄，包皮系帶是指包皮與龜頭相連的皮膚，位于龜頭下方尿道口處。當陰莖勃起時，如果包皮系帶過短就會牽拉龜頭導致陰莖彎曲，牽拉過度出現疼痛。在假性包皮時，如包皮口過窄受到壓迫，出現疼痛。嚴重的會出現包皮水腫，甚至包皮缺血壞死，這在臨床上稱之為“包皮嵌頓”，是需要做緊急手術。

性生活過度 男性性生活過頻，每次性生活持續時間過長，會使男性生殖器官頻繁且長時間充血、腫脹以致感到疲勞，從而在射精或性生活后感到疼痛。疼痛部位主要是在陰莖和會陰部，特點為隱痛，且伴有全身疲乏無力、頭暈、腰膝酸軟等癥狀。

泌尿生殖器官炎癥前列腺炎是成年男性常見的疾病，其特點為疼痛感不強烈、部位不明確，多表現為會陰部有脹感、墜感和隱約的痛感以及精索、睪丸等處的不適或疼痛，可伴有輕度尿頻、尿道刺癢、尿道分泌物增多的表現。精囊炎常與前列腺炎合并發生，有時還可以出現血精;精阜位于尿道底部靠近膀胱的部位，有豐富的神經，能直接控制性交動作，并有協助射精管開口的收縮作用，其炎癥主要是由于細菌感染或性生活過度所致。引起尿道炎的主要致病菌是大腸桿菌、鏈球菌和葡萄球菌，患者往往有尿急、尿痛、尿頻的癥狀;睪丸及附睪炎的疼痛感比較強烈，常伴有睪丸及附睪的腫大。這些器官炎癥的后果，可以導致性交時收縮，擠壓組織，從而產生射精痛。

前列腺結石或精囊結石比較少見，這種硬性異物在腺體收縮時無疑會擠壓周圍組織而引起疼痛，尿結石是一種常見疾病，小結石若嵌在后尿道，尤其在射精管的開口部位，射精時疼痛相當明顯。

有些過敏體質的人，性生活時應用避孕套有時可致過敏反應，使陰莖、龜頭等部位發癢、充血、水腫，嚴重者甚至出現潰瘍、液體滲出，并進而引發疼痛。