月經不調患者常有月經周期縮短、經量增多或經期延長等現象，說明患者有卵巢功能障礙表現。

痛經臨床特征為漸進性痛經，多為繼發性，有的痛經較重難忍，需要臥床休息或用藥止痛，疼痛常隨著月經周期而加重，月經結束而消失。

周期性下腹不適本癥狀的出現率高于痛經，無痛經的內異癥患者常存在于本癥狀。出現于輕癥患者，或某些病變雖較重但由于痛閾的個性差異或其他原因的患者。

性交痛當存在于陰道穹窿部異位子宮內膜結節、直腸凹陷結節或粘連，或卵巢粘連在盆底時，均可產生性交痛。

周期性膀胱刺激癥狀當病變累及膀胱腹膜反褶或侵犯膀胱肌層時，會同時出現經期尿急、尿頻等癥狀。若病變侵犯膀胱黏膜(膀胱子宮內膜異位癥)則有周期性血尿和疼痛。

硬性小結節在子宮直腸窩、子宮骶韌帶或宮頸后壁常可觸及1-2個或更多硬性小結節，如綠豆或黃豆大小，多有明顯的觸痛，肛診更為明顯。

不孕約有50%左右患者伴有不孕，在不明原因不孕患者中，約30%-40%患有子宮內膜異位，常因病變造成盆腔腫塊等因素引起。