子宮內膜異位癥為良性病變，但具有遠處轉移和種植能力。對于其發病原因，目前有多種學說。
（一）子宮內膜種植學說
月經期脫落的子宮內膜碎屑隨經血逆流，經輸卵管進入腹腔，種植于卵巢表面或盆腔其他部位。如嚴重的后傾后屈子宮及先天性宮頸狹窄或陰道閉鎖者，易并發本癥。剖宮取胎手術時，可將內膜碎片帶至腹壁傷口上，形成腹壁子宮內膜異位癥。此為種植學說的有力例證。
（二）體腔上皮化生學說
卵巢生發上皮、盆腔腹膜、直腸陰道隔等都是由具有高度化生潛能的體腔上皮分化而來，均具有潛在能力化生成為子宮內膜樣組織。
（三）淋巴及靜脈播散學說
子宮內膜碎屑通過淋巴或靜脈播散種植，可造成遠隔器官的內子宮內膜異位癥，如肺、胸膜病灶等。
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