從乙肝病毒入侵人體后，到出現臨床癥狀的時期為乙肝潛伏期。乙肝病毒的潛伏期一般為6周-6個月，平均3個月。潛伏期的長短與受傳染的途徑及感染病毒多少與人體的抵抗力有一定的關系，在大多數情況下，經注射(或輸血)感染的潛伏期較短，平均約65天左右，經體液或口腔黏膜感染的潛伏期較長，平均約98天左右。

乙肝病毒攜帶者導致肝損傷的潛伏期 可長可短，長者可達數十年。潛伏期的長短取決于患者的遺傳、種族、年齡及感染方式等方面的因素，眾多的慢性肝炎，甚至于肝硬化常常由病毒攜帶者發展而來。一般認為，慢性病毒攜帶者的15%-20%可能向慢性肝炎方向演變。

因此，病毒攜帶狀態更像是潛伏在人體中的一枚不定時炸彈，可能在一些外因(諸如重度疲勞、酗酒、悲傷等因素)和內因(重疊感染其他病毒、病毒基因變異等因素)作用的條件下，突然發病。因此，把病毒攜帶者視為不穩定的高危人群是恰當的，定期檢查，及時治療非常重要。