一是價值取向不同。思想政治教育有明確的價值取向，往往要求旗幟鮮明，要求個體掌握一定的社會規范和道德標準，形成科學的人生觀和價值觀。而心理健康教育則不代替當事人作價值判斷，在充分理解和尊重當事人的人生觀和價值觀的基礎上讓他們自己做出各種判斷和選擇。這樣做的目的是通過幫助當事人理清事實，培養其判斷、抉擇能力。

二是對象觀不同。思想政治教育強調將教育對象看成是塑造的對象，要求他們以社會為本，要服務于社會，為他人著想;而心理健康教育則把每一個人看成平等的個體、服務的對象，注重當事人的內在需求和本能的發展，培養自尊、自愛、自強，最終達到自我實現。

三是目標定位不同。思想政治教育的重點在于通過對受教育者進行馬克思主義世界觀和方法論的教育，主要是按社會和國家的要求來規范個體的行為，并幫助他們解決社會認識傾向問題。在社會主義的初級階段培養個體樹立起共產主義的世界觀、人生觀和價值觀，逐步提高思想政治道德素質。相對而言，心理健康教育的目標屬于個體與環境之間的關系方面，它要求人們以一種平和的心態處理與周圍環境的關系，即;不焦慮、不緊張，內心沒有強烈的矛盾沖突。

四是教育內容不同。思想政治教育的內容具有鮮明的階級性和時代性，在不同的歷史時期強調不同的內容，大致可以分為政治教育、思想教育和道德教育三個方面。主要偏重于政治觀點、社會規則的學習，力圖使人辨別是非、善惡，美丑，追求高尚的思想與品行。心理健康教育主要在心理衛生、社會適應、職業選擇、心理障礙、行為異常等多方面指導和教育。主要偏重于認識自我，培養良好的自我意識，強化其自知、自尊、自信、自助、自律、自控能力。

五是教育方法不同。思想政治教育多采用的是自上而下的教導和灌輸并以理論教育和宣傳為主，主要采用外部宣傳教育的引導來實現正面說服、榜樣示范、批評表揚、實際鍛煉等方法。而心理健康教育是一種平等的討論問題過程。教師要以輔導者的身份，非指導性的態度去面對受教育者，主要采用普及心理學知識，讓受教育者進行角色扮演，對受教育者進行心理訓練、心理測量、心理咨詢、心理疏導等方法。