比較心理學的另一項任務是在種內和種間闡明行為的根源并追蹤其發展。行為在種內的發展是指行為的個體的發生和發展以及個體經驗對行為發展的影響；行為在種間的發展是指行為的系統發展，也就是行為從一個發展水平到另一個發展水平的演化。研究行為的這兩項任務是互相關聯著的，只有完成這兩項任務，比較心理學家才能總結和發展關于動物行為的一般理論，才能闡明和預見專門的事件和關系。

    根據上述任務，現代比較心理學的研究課題主要有行為模式的研究、行為的個體發生的研究、行為機制的研究、動物學習的研究和行為進化歷史的研究五個方面。

    行為模式的研究側重于行為模式的功能方面，也就是探索該模式對動物的生存和繁衍能力的作用。比較心理學家為了研究上的方便，把動物行為分成社會行為和非社會行為。社會行為包括群集關系，性關系、首領-隨從關系、照料-依賴關系和互相照料關系等等；非社會行為包括睡眠、探究行為、游戲、定向行為、攝食和獵食行為、尋找隱蔽所和貯藏食物，以及排便和生殖行為等等。

    行為的個體發生的研究是考察影響個體行為發展的諸因素。因為正是有機體的遺傳因素和環境的交互作用才使行為得以產生，所以在研究行為起源時，既要強調遺傳決定因素，也要強調環境影響因素。

    行為在很大程度上決定于神經系統、內分泌系統、感知覺系統和有關的生理系統的活動。另一方面，這些系統的發展又是隨行為的反饋作用而改變的。行為與生理系統之間的這種交互作用，就是比較心理學家需要探索的關于行為機制的重要領域。

    動物學習的研究是比較心理學研究得最為廣泛的一個方面。一切適于實驗室條件的動物種類幾乎都進行過學習實驗，并形成多種關于學習的理論和流派。學習使個體行為獲得比較持久性的改變，它對動物在個體發育中適應外界環境具有特別重要的意義。