牛奶中的蛋白質80%為酪蛋白，當牛奶的酸堿度在4.6以下時，大量的酪蛋白便會發生凝集、沉淀，難以消化吸收，嚴重者還可能導致消化不良或腹瀉。所以牛奶中不宜添加果汁等酸性飲料。

牛奶中含有的賴氨酸在加熱條件下能與果糖反應，生成有毒的果糖基賴氨酸，有害于人體。鮮牛奶在煮沸時不要加糖，煮好牛奶等稍涼些后再加糖不遲。

牛奶含有豐富的蛋白質和鈣，而巧克力含有草酸，兩者同食會結合成不溶性草酸鈣，極大影響鈣的吸收，甚至會出現頭發干枯、腹瀉、生長緩慢等現象。

由于牛奶容易在藥物表面形成一個覆蓋膜，使奶中的鈣、鎂等礦物質與藥物發生化學反應，形成非水溶性物質，從而影響藥效。