現代醫學對藥毒的研究已經形成一個專門的學科，即毒理學。毒理學是研究外源性化學物質對生物體的毒性反應、嚴重程度、發生頻率和毒性作用機制的科學，其中藥物毒理學是毒理學在藥物研究領域的分支科學。

　　現代醫學認為，毒性作用是藥物固有的，在劑量過大或蓄積過多時可表現為危害性反應，主要包括致突變性、致畸性、致癌性、特異質反應、變態反應、毒性反應六大部分。在一般情況下，藥物毒性是可以預知的，但不一定可以避免。除藥物本身具備毒性作用外，毒性主要與藥物的用量、時程及用藥對象的個體特質密切相關。藥物的副作用是指在規定劑量范圍內，用藥后產生的與治療目的無關的作用，主要包括副反應、停藥反應與后遺效應。顯然，藥物的毒性作用與副作用不同。

　　中醫強調，無病不可用藥，凡藥都具有不同程度的毒性，治療中應根據疾病程度選用大毒、常毒、小毒或無毒的藥物，如《內經》言：“有毒無毒，所治為主，適大小為制也。”西醫也非常重視藥物的毒副作用，強調用藥的安全劑量范圍。從這個意義上說，中醫與西醫的認識是接近的，即藥物具有效毒二重性，完全無毒副作用的藥物幾乎不存在。然而，中藥與西藥分別基于不同的理論和經驗，其有關藥毒的內涵也有著較大差異。

　　理論體系不同 中藥是在臨床觀察、經驗積累，并與中醫醫理結合基礎上發展而來的;西藥則以有機化學、植物化學等為基礎，與生理學、生物化學、病理學等基礎醫學密切相關。

　　運用背景不同 中藥以性能、功效使用為主要依據，西藥則以理化屬性、藥理作用為使用依據。如源于中藥黃連的黃連素，西醫主要用于腸道感染，而中醫則主要通過辨證來使用。

　　中醫強調辨證用藥，西醫強調辨病用藥，因此中醫用附子治療腎虛陽浮的高血壓患者，西醫卻因其有強心升壓的作用而禁用于高血壓病。

　　化學成分不同 中藥成分復雜，多以復方為其主要運用形式，藥用劑量比較粗放，作用涉及多環節、多靶點，藥理與毒理機制多不清楚。西藥則多成分單一，以化學單體或簡單混合物或生物制品為其主要應用形式，藥用劑量精確，作用靶點有限，藥理與毒理機制較為明確。

　　運用角度不同 中醫的藥毒主要源于臨床治療經驗，強調中藥的效用與其作用對象的狀態有關，如“藥—證”或“方—證”的對應程度等;西醫的藥毒主要基于動物及體外實驗，雖然也注意到特異質的藥物反應，但更強調藥物自身的理化屬性。

　　理解認識不同 中西醫對藥毒的理解都涉及損傷機體和致死性。中醫對藥毒的理解具有更大的相對性和抽象性，且包括了藥物的副作用以及潛在的不利作用;西醫對藥毒的理解則更多強調藥物的固有屬性和具體性，但不包括治療劑量下的副作用。中醫有關中藥“寒涼傷中”、“苦燥傷陰”、“辛散耗氣”等毒副作用，和西醫有關藥物引起的“腎小管損傷”、“肌細胞溶解”、“肝細胞炎癥”等，無任何內在的聯系。