研究復方配伍的目的在于去除無效物質，優化組合處方，增效、減毒，擴大治療范圍，適應復雜病情，預防藥物中毒。

方劑配伍方法有多種，但七情配伍是中藥配伍的基本形式，君臣佐使是方劑配伍的主要規則。主要有以下方法：

　　1.文獻理論研究方法 從經典配伍實例中獲得中藥復方配伍的規律性認識：如相須相使配伍，能增強藥效;相畏相殺配伍，可制約毒性;相惡相反配伍，可增毒減效等。已開始轉向應用主因子分析，聚類分析等統計方法對類方方證內涵或方劑配伍特征予以研究，利用計算機技術對古今方劑進行邏輯處理，以客觀、更深入地認識方劑的配伍結構，從中醫證法方藥內在邏輯上揭示方劑配伍和運用規律。

　　2.臨床驗證研究方法 即通過臨床的醫療實踐，考察藥物組成變化、藥物劑量變化與主治證、療效之間的關系。療效可靠的方劑，不僅要針對性強，恰中病情，還須立方嚴謹，用藥主次分明，要做到一點就必須善于巧妙配伍。如黃連配木香善治熱痢里急后重，配吳茱萸長于治肝火腹痛吞酸，配肉桂則治心腎不交之失眠。劑量是藥性的基礎，也是決定藥物配伍后發生藥效、藥性變化的重要因素。以當歸補血湯為例，文獻記載的當歸：黃芪之比除1∶5外，還有1∶6(《外科理例》)，1∶4(《醫學心悟》、《時方歌括》)，1∶3(《醫部全錄》)，1∶2(《血證論》)，2∶5(《東醫寶鑒》)，3∶8(《醫學入門》)，3∶10(《女科撮要》)。而臨床觀察顯示，當歸：黃芪為1∶2時偏于養血益氣，抗缺氧作用最為顯著;為1：1時偏于益氣活血兼養血，顯著增強紅細胞膜流動性。由此可見，不同劑量比例各有自己的作用優勢。

　　3.實驗研究方法 考察復方配伍、配比與化學成分、藥理效應變化之間的相互關系。

　　①化學研究方法 研究配伍或煎煮制備過程中化學成分所發生的量的變化和質的改變。如甘草酸具有抗過敏、抗炎作用，這與麻黃湯止咳平喘功效有密切關系。采用HPLC測定麻黃湯各藥分煎與合煎后甘草酸的含量發現，合煎后的分量>甘草單煎的分量。用HPLC法測定肉桂與黃連不同配比對黃連生物堿含量的影響，發現肉桂的配比越大，黃連生物堿的含量越少。中藥配伍后還會出現原單味藥不含有的成分。如單味的人參、麥冬、五味子在煎煮前均不含5-羥甲基-2-糖醛(5-HMF)，單味五味子在煎煮后產生少量5-HMF，而當生脈散三味同煎或五味子、麥冬同煎時，產生大量的5-HMF，而5-HMF具有抗氧化和保護心血管的作用。

　　②藥理研究方法 研究不同配伍配比與藥理效應、協調作用、毒性之間的關系。鄢順琴等通過觀察枳實與白術不同比例配伍組方(2∶1;1∶1;1∶2)對胃腸排空推進作用的影響，發現不同配伍比例的枳術丸有不同程度的作用，以枳實與白術比例為1∶2時作用最明顯。說明枳術丸原方組方劑量配比關系的合理性，證明中藥配伍劑量的變化對中藥復方療效的影響很大。

　　藥對是中藥復方配伍的最簡單、最基本和最常見的形式，其配伍符合中醫“七情和合”理論和組合原則，具備復方的基本主治功能和療效，可以通過揭示藥對配伍規律闡明復方配伍的科學性。梁日欣等研究了血府逐瘀湯中川芎和赤芍合用及川芎、赤芍單用對高脂血癥大鼠降脂、抗氧化及對血管內皮細胞功能的影響，結果表明：兩藥合用及單用均明顯降低血清膽固醇、甘油三酯和低密度脂蛋白水平。揭示在降脂作用方面，兩藥沒有協同作用。但是兩藥合用能降低血清MDA水平性，增加NO釋放。這提示兩藥在抗氧化及保護血管內皮細胞功能方面，產生協同作用。

　　配伍還可發揮增效減毒效應。如對四逆湯配伍規律研究發現，附子雖有一定的強心作用，但并不強，配以強心作用并不強的干姜后，能明顯增強心肌收縮力，擴張冠脈，這與“相須”之論是一致的。而且，二藥配伍后附子的毒性大大降低。說明附子為方中主藥，它和干姜配伍即有君臣關系，干姜在方中能助附子增效，又有佐制作用，包括輔佐及制約附子之毒性。