為進一步加強甲型H1N1流感防控工作，充分發揮中醫藥在防治突發急性傳染病中的特色和優勢，衛生部門已組建上海市甲型H1N1流感中醫藥防控專家顧問組和專家防治組，具體指導和參與本市甲型H1N1流感中醫藥防控工作。

　　上海市衛生局還組織制定了《上海市甲型H1N1流感中醫藥防治方案（試行）》。

防治方案中提出，中醫藥治療方面將參照時行感冒（流感）及風溫肺熱病進行辨證論治。以盡早使用中醫藥治療，清熱、解毒、化濕、扶正祛邪為治療原則。在中成藥應用方面，防治方案要求辨證使用中成藥，可與中藥湯劑綜合應用。

　　中成藥的應用也分為幾類：退熱類，適用于發熱期、喘憋期發熱，可根據其藥物組成、功能主治選用，如瓜霜退熱靈膠囊、紫雪、新雪顆粒等。清熱解毒類，口服劑可選用清開靈口服液（膠囊）、雙黃連口服液、清熱解毒口服液（顆粒）、銀黃顆粒、板藍根沖劑、抗病毒膠囊（口服液）、藿香正氣丸（膠囊）、蓮花清瘟膠囊、葛根芩連微丸、羚羊清肺丸、蛇膽川貝口服液等，注射劑可選用清開靈注射劑、魚腥草注射劑、雙黃連粉針劑。

　　防治方案還給出預防藥物，包括：雙黃連口服液、清開靈口服液、純陽正氣丸、藿香正氣制劑等。也可以使用六味湯，組成包括：黃芪15、白術9、防風9、貫眾6、銀花9、陳皮6。