瑜珈最早出現在5000年前的古印度，那時人類文明剛剛顯現。石器時代的薩滿教(Shamanism)與現代印度文化有千絲萬縷的聯系，是孕育古老瑜珈的源泉。

早期的瑜珈與薩滿教義具有相似之處，主旨都是為了通過集體的力量，提升自我。后來，瑜珈經過演變，開始主要關注個人的明啟。

在印度峽谷出土的3000年前的石碑上，繪有修煉瑜珈姿勢的人物形象，是迄今為止最早的關于瑜珈的圖形記載，說明瑜珈與印薩兩河(印度河—薩拉斯瓦蒂河)流域文明的關系源遠流長。印薩流域在當時是最大的文明古地，興盛一時，出口貨物曾遠達中東與非洲。

印薩兩河流域孕育了《韋達經》(Vedas)，世界上最古老的靈性文獻，是歌頌知識與神的詩篇。其中，一些關于瑜珈教習的記載被視為神喻。而《韋達經》的精深內涵便是前—古典瑜珈(也叫做韋達瑜珈)的奧義根基，其特征便是以修習瑜珈完成某種儀式，逾越心靈的囿限。

《韋達經》通篇充滿祈禱式的思考，以及韋達瑜珈修煉者關于人與神和諧共處的教誨。據古經描述，瑜珈修煉者隱居在喜瑪拉雅山洞穴之中，在密林中修習瑜珈，主持神圣的儀式。

同時期，印度草醫學(Ayurveda)出現。大約公元前1900年，薩拉斯瓦蒂河干涸，迫使印薩流域文明南遷至恒河流域。約百年之后，《奧義書》(Upanishads印度教古代吠陀教義的思辯作品，為后世各派印度哲學所依據)出現，闡釋超自然的自我與真實世界的關系。《奧義書》是《韋達經》的延續，宣告前—古典瑜珈時代的來臨。

公元前1200年左右，先賢Rishabha創立耆那教(Jainism)，與《韋達經》和《奧義書》一樣，傳播精神的自由與釋放。時光飛逝二百年，恒河兩岸發起了新一輪城市化運動。其后，公元前6世紀，佛陀(釋迦牟尼)開始傳播佛教。佛教強調冥想與身體姿勢的重要性，與印度教義有相似之處。但是瑜珈先賢們洞察出因忽視身體的凈化過程而造成的局限性。

釋迦牟尼既是佛祖，亦是篤定的瑜珈修習者。他精于冥想，在35歲那年獲得證悟。

公元前500年，《薄珈梵歌》(Bhagavad-Gita)被寫就并廣泛流傳。它對印度的文化與哲學影響深遠，是第一部專門記載瑜珈的文獻。據其記載，瑜珈是古老的宗術，遠遠早于《薄珈梵歌》的寫作時期。這部700節的長篇頌歌試圖將Jnana-Yoga.Bhakati-Yoga and Karma-Yoga等多種形式的瑜珈統一。同時期，瑜珈學校紛紛建立，教導人們如何達到冥想的至深層，從而超越個體的身、心，得到一個真實無限的自我。