中藥材來源廣泛，品種繁多，它的命名與名稱都與醫療應用有很大的關系，特別是它的命名具有一定的意義，可以顧名義，可以幫助了解一些藥物的性能，更重要的是利用藥材的形、色、氣味來治療疾病，所以有的藥材用它的突出點命名，有藥材因為具有特效而流傳成故事，因此也用來命名，有的藥材是該地道產質量量最好，以產地冠以命名。更有的是某些藥材有生長特性，藥用部分，從國外進口、名稱譯音等，都以此作為藥材命名的依據，現將它們的命名分述如下：

(一)以藥材的產地命名

例如：川牛膝，川貝母，川白芷，川木通，川芎，巴豆，廣防己，廣霍香，廣豆根，杭麥冬，杭白芷，懷山，懷牛膝，銀柴胡(銀川)，多倫赤芍(內蒙古)。

(二)以藥材采收季節命名

例如，冬桑葉，夏枯草，半夏，冬蟲夏草(夏季采收)，冬花(莖葉經冬不凋、花冬季盛開)。

(三)以藥材的形態命名

例如，馬鞭草，雞爪黃連，半邊蓮，烏頭，皂角刺，人參，牛膝，木蝴蝶，鳳尾草，罌粟殼，金櫻子(都有一個“罌”字即大腹小口之瓶)。

(四)以藥材的顏色命名

例如，朱砂(紅色)，赫石(豬肝色)，血竭(血紅色)，丹參(外皮紅色)，紅花(紅色)，橙皮(橙黃色)，黃連(皮肉俱黃)，白芷(斷面色白如粉)，白術(斷面白色)，白花蛇舌草(其花色白)，玄參(斷面黑色)，青黛(表藍色)，紫草(內外皆紫色)，紫色地丁(其花色紫)。

(五)以藥材的質地命名

例如，沉香，浮石，浮小麥，輕粉，桑螵蛸，海螵蛸等。

(六)以藥材的氣命名

例如，麝香，沈香，蘇合香，安息香，藿香，木香，香薷，雞屎藤，臭牡丹等。

(七)以藥材的味命名

例如，細辛之辛，甘草之甘甜，酸棗仁之酸，苦參之苦，咸翻新石之咸，淡竹葉之味淡，五味子具五種不同之味等。

(八)以藥材的入藥部位命名

例如，麻黃根，葛根，山豆根，白茅根，杏仁，桃仁，月季花，雞冠花，金銀花，洋金花，桑枝，梔子等。

(九)以藥材功效命名

例如，益母草(專治婦科疾病)，防風(能治諸風)，遠志(益智強志)，澤瀉(勝濕利水)，肉蓯蓉(補而不峻)，千年健(祛風濕，強筋骨)，決明子(清肝明目，治目赤腫毒)，大風子(治療麻風)等。