口腔潰瘍預示著機體可能有潛在系統性疾病，如胃腸、血液和內分泌系統的疾病，但臨床上大部分患者身體健康，無系統性疾病。目前，口腔潰瘍的病因及致病機制仍不明確。口腔潰瘍的誘因可能是局部創傷、精神緊張、食物、藥物、激素水平改變及維生素或微量元素缺乏。

一般來說多發行口腔潰瘍多為良性，其形態較規則，有一定的發作規律，而有些口腔潰瘍長時間不愈合，疼痛又不明顯，邊緣凹凸不平，基底部呈現不平整的顆粒狀，并且質地較硬韌，不像正常粘膜那么柔軟，和周圍的正常粘膜界限不清，往往是潰瘍開始發生惡變的信號，對這種惡性口腔潰瘍應該盡早作活檢以明確潰瘍的性質，為施行早期抗癌治療提供依據。

系統性疾病、遺傳、免疫及微生物在口腔潰瘍的發生、發展中可能起重要作用。由于病因不明，口腔潰瘍的診斷完全是基于病史及臨床表現，缺少可作為確診依據的實驗室指標。