淋病雙球菌侵入尿道后發病過程共分三個階段：第一階段稱為侵入期，當淋病雙球菌進入尿道后，即刻侵入尿道的粘膜下層，在此階段淋病雙球菌因為尚沒有生長繁殖，故多無癥狀;

第二階段生長發育期以及第三階段排毒期中，部分淋球菌死亡，排出內毒素，從而引起組織對毒素的反應，開始出現臨床癥狀。一般來說，臨床癥狀多在感染后3～5天發生。但是，患者身體虛弱、性生活過度及酗酒等，可使潛伏期縮短，使用抗菌素的患者也可延長潛伏期。