顧名思義包皮龜頭炎就是指包皮、龜頭發生炎癥反應，引起發炎的原因會年齡而有所不同，例如嬰幼兒的包皮龜頭炎多因尿布包裹而不透氣，或糞便污染而引起的，主要是尿液，糞便內的細菌釋出，加上高溫、濕熱及嬰幼兒包皮絕大多數都過長，細菌、尿液、包皮垢，過長的包皮在這三者作用下使得包皮龜頭產生紅腫、熱痛。成人的包皮龜頭炎除了部份與包皮過長有關外，不潔的性交，接觸某些化學物質及外傷也是相當重要的因素。總之，包皮垢、尿液的刺激，某些化學物質，衣物的接觸與磨擦及外傷是構成包皮龜頭炎重要的因素。

包皮龜頭炎可以粗分為外傷性、接觸性、藥物性及感染性等四大類，就外傷性而言，多半是因為外傷打到、拉鏈夾到、性交時弄傷，這時候包皮可能相當紅腫、疼痛，如果是因為寄生蟲感染陰莖而抓傷時，會合并搔癢的感覺，接觸性包皮發炎主要是發生在使用局部殺菌劑或軟膏類藥品所引起。

藥物所引起的包皮龜頭炎常常會有搔癢、灼熱感，而且引發感染的部位不像感染性包皮龜頭炎那么大面積，而是呈單一或是一小片很表淺類似擦傷，且界限明顯，最重要的是有先服用過某種藥，其中最常見引起這種發炎的是四環素。

感染性包皮龜頭炎是最常見的包皮龜頭炎，引起這類感染的致病原有細菌、霉菌或寄生蟲等，霉菌中最常引起的是白色念珠菌，除了包皮或龜頭有紅腫外，有時可見到小而不規則，呈糜爛型的小白斑覆蓋在龜頭表面，而陰道滴蟲(寄生蟲)所引起的包皮龜頭炎通常是呈潰瘍狀的，還有一種糜爛型龜頭炎是因細菌感染，好發于包莖的病患，通常會有惡臭的分泌物，龜頭表面會呈現許多小小圓圓且表淺性的糜爛。

梅毒也同樣會引起龜頭炎，但通常是在下疳形成之后才會在龜頭上出現白色融合的表面且龜頭會呈現水腫，它與一般感染性包皮龜頭炎，整個龜頭呈現紅腫，有臭味及分泌物并不相同，如果懷疑是因梅毒螺旋體引發，可以作血液檢驗查查看梅毒血清反應及凝集試驗，來區別是梅毒或一般細菌或其它感染性的包皮龜頭炎。