大多數男性都存在著包皮包莖這種很正常的生殖器官疾病，只是在平時影響不是很嚴重，所以有些被忽略了，成年男性的生殖系統健康問題越來越受到重視，但男孩的生殖器官疾病卻容易被忽略，以下是兩種比較少見的男性生殖器官疾病。

隱匿性陰莖是指男孩的陰莖縮藏于體內，只有小小一點凸出體外，如果用手將陰莖皮膚向內擠壓，陰莖體就會顯露出來，但手稍一放開，陰莖體又回縮進去。造成隱匿性陰莖的原因主要有陰莖皮膚發育不良、過短，或是包皮腔過小，或陰莖皮膚沒有包著陰莖海綿體，導致陰莖海綿體無支撐而回縮體內。患有隱匿性陰莖的男孩必須在3—5歲接受矯治手術，否則會影響陰莖正常發育。

男童一側或雙側睪丸未降入陰囊，停留在腹股溝或腹腔內，稱為隱睪。睪丸未能進入陰囊內，失去陰囊壁的溫度調節保護，睪丸處于相對高溫的環境，生精功能會被破壞，1歲以后會出現超微結構變化，2歲后基本喪失生精能力，青春期后，絕大多數隱睪會發生萎縮，因此雙側隱睪的男性，成年后多患無精子癥，造成不育;即使只是單側隱睪，也會因一側睪丸生精功能被破壞而產生多種抗精子抗體，影響生育能力，因此隱睪應在2歲前治愈。

男孩的生殖器官疾病并不少見，起初雖然影響不是很大，但是若得不到及時救治，后果往往很嚴重，因此家長應時刻關注孩子的發育情況，早發現問題，早治療。