首次發現的血尿、蛋白尿者不一定都是急性腎炎。有很多腎小球疾病，第一次發病時的情況與急性腎炎十分相似，臨床上應該加以鑒別。其中最應該警惕的是急進性腎炎，該病的首發癥狀與急性腎炎一樣：少尿、血尿、水腫、高血壓、氮質血癥。但它的病情發展是個迅速惡化的過程：少尿逐漸加重乃至無尿(每日尿量少于100毫升)，腎功能急驟惡化，血BUN及肌酐迅速升高，B超測量雙腎體積明顯增大。

由于該病是個急速進展的疾病，能否保存一部分腎功能與開始治療的時機密切相關，治療進行得越早、療效越好，預后越樂觀，所以及早作出診斷有極其重大的臨床意義。

鏈球菌是引起急性腎炎的主要致病菌，但極少數情況下，它也可以導致急進性腎炎!因此，開始考慮為急性腎炎的患者，如果病情在2～6周內不僅不好轉，而且越來越重，就必須高度懷疑急進性腎炎的可能性，盡快做腎穿刺及腎病理檢查以明確診斷。

各種慢性腎小球腎炎如系膜增生性腎炎、膜增生性腎小球腎炎、局灶硬化性腎小球腎炎等起病隱襲，患者平時沒有什么不適的感覺，常常也是因為上呼吸道感染，誘發患者出現水腫、血尿和蛋白尿，這時也容易被誤診為“急性腎炎”。但慢性腎炎急性發作的潛伏期短，一般為3～5天，而且病情持續發展，不會在一、二個月內自行好轉，這時如果條件允許應積極做腎穿刺，根據腎病理改變的特點制定相應的治療方案。

IgA腎病也很容易與急性腎炎混淆。該病也常發生于“上感”之后，首發癥狀多是間斷性肉眼血尿，和(或)持續性尿紅細胞增多，但潛伏期很短，一般在前驅感染后數小時發病，很少出現少尿、浮腫和高血壓，腎臟的病理特點是腎小球系膜增生，IgA在系膜區沉著。如臨床不能區分，應作腎穿刺以確診。

此外，急性全身感染發熱性疾病也可引起一過性蛋白尿及鏡下血尿，但血尿和蛋白尿會隨體溫正常而消失。