胃體萎縮為主的慢性胃炎發生在自身免疫基礎上，又稱其為自身免疫性胃炎。患者血液中存在自身抗體（PCA）和內因子抗體（IFA）。前者似的壁細胞總數減少，導致胃酸分泌減少或缺乏;后者使得內因子缺乏，引起維生素B12吸收不良，導致惡性貧血。本病還會伴有其他自身免疫性疾病，比如橋本甲狀腺炎，白癜風等。

PCA存在于血液和胃液中，其相應抗原為壁細胞分泌小管微絨毛膜上的質子泵氫離子-鉀離子-ATP酶。PCA也可見于一些不伴惡性貧血的萎縮性胃炎者和極少數的健康人群，在其他自身免疫性疾病重PCA的陽性率也較高。內因子由壁細胞分泌，食物中的維生素B13必須與內因子結合后，才能被末端回腸吸收。IFA存在于患者血清和胃液中，胃液重的的IFA與惡性貧血發病有關。IFA僅見于A型萎縮性胃炎伴惡性貧血者。
 惡性貧血具有遺傳背景，家庭成員重萎縮性胃炎，低酸或無酸，維生素B12 吸收不良的患病率以及PCA，IFA陽性率都很高。以胃竇為主的萎縮性胃炎遺傳因素不明顯。有關資料顯示，幽門螺旋桿菌感染者的血清抗體能喝宿主的胃粘膜上皮其交叉反應。